A administração da FIFA está sob a responsabilidade da Secretaria-Geral da entidade e conta com aproximadamente 350 colaboradores na sua sede, em Zurique (Suíça). No seu comando está o Secretário Geral, que coloca em prática as decisões do Comitê Executivo.
O Secretário Geral também é o encarregado das finanças, das relações internacionais, da organização da Copa do Mundo da FIFA e das outras competições da entidade.
A Secretaria Geral é composta por departamentos de desenvolvimento, competições, administração do futebol, finanças, negócios, recursos humanos, serviços e comunicações.
